Organisateurs
Des membres des CATI BARIC, BOOM, EMPREINTE, GREP et SYSMICS, avec le soutien de la DipSO et de la DSI, organisent le workshop Work4Graph’Int autour de l’intégration de données hétérogènes.
Cet événement aura lieu en présentiel si les conditions sanitaires le permettent, avec un repli sur un système de visioconférence le cas échéant. L’inscription est gratuite mais obligatoire afin d’obtenir les identifiants de connexion.
Si vous souhaitez nous contacter, vous pouvez envoyer un e-mail à work4graph.
Pourquoi ?
Les recherches menées au sein d’INRAE incluent de plus en plus une formalisation des données sous forme de graphes, notamment afin de répondre aux questions posées en biologie des systèmes ou bien pour intégrer des entités biologiques hétérogènes (gènes, produits de gènes, réactions enzymatiques, éléments répétés, phénotypes, connaissances issues de la littérature…).
Ces graphes peuvent comporter des centaines, voire des milliers d’éléments. Ils peuvent être de différents types tels que :
- les graphes de connaissance,
- les réseaux métaboliques (topologie et distribution des flux)
- ou les réseaux de régulation (processus biologique centré).
L’avantage d’une telle représentation est qu’elle permet d’échanger entre plusieurs communautés sur des réseaux biologiques divers grâce à un format commun (un ensemble de nœuds et de relations) qu’il est facile d’appréhender. Par ailleurs, cette représentation permet d’utiliser les nombreux algorithmes provenant de la théorie des graphes développés en bioinformatique mais aussi dans de nombreuses autres disciplines comme la sociologie.
L’intégration de données hétérogènes constitue autant un défi scientifique que d’ingénierie. Les questions sur le type de graphe (graphe RDF, graphe de propriété, ad hoc), la modélisation des connaissances, l’usage de vocabulaires contrôlés (ontologies, etc.) sont cruciales pour favoriser la compréhension, l’évolution, la réutilisation et la diffusion des résultats au reste de la communauté.
De même, des cas d’utilisation très variés peuvent être envisagés selon les thématiques scientifiques, ceux-ci dirigeant fortement les éléments mentionnés ci-dessus.
Communautés servies au sein des CATI et plus globalement
Ce workshop est à destination des membres des CATI BARIC, BOOM, EMPREINTE, GREP et SysMics ainsi que toutes les personnes d’autres CATI impliquées sur les thématiques d’intégration de données dans des graphes.
Les productions issues de cette journée, sous la forme de retours d’expérience et d’évaluation d’outils, seront bien entendu mises à disposition de la communauté des autres CATI et plus généralement des agents INRAE.
Apports et valeur ajoutée
L’intérêt majeur de ce workshop est de poursuivre les échanges initiés entre les membres des CATI impliqués sur la thématique commune d’intégration et de visualisation de données sous forme de graphes, afin de mutualiser les forces, de construire un réseau de savoir et de structurer les compétences sur ce besoin spécifique.
Le travail de veille coûteux pour un ingénieur pourra ainsi être mutualisé, partagé et diffusé à la communauté qui pourra s’en emparer et l’enrichir.
Le document de synthèse des outils évalués et des retours d’expérience de chacun permettra d’accompagner les membres des CATI dans le choix des outils les plus adaptés au regard de leurs besoins et de leurs problématiques. L’identification de ressources et d’experts dans la thématique de ce workshop pourra également servir à mettre en place une action de formation en lien avec la formation permanente nationale ou locale.